用java与php开发网站的区别如下：

数据库访问比较：PHP对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，通用性不强；Java通过JDBC来访问数据库，通过不同的数据库厂商提供的数据库驱动方便地访问数据库，访问数据库的接口比较统一。

安全性对比：PHP开发的程序在别人拿到代码后，可以很容易的进行修改；Java开发的程序由于无法看到完整的源代码，只能看到一些编译好的类文件，所以安全性较高。

开发成本上的不同：PHP最经典的组合就是：PHP + MySQL + Apache，非常适合开发中小型的Web应用，开发的速度比较快、开发成本低；Java的Web应用服务器有免费Tomcat、JBoss等，如果需要更好的商业化的服务有：Web Sphere和 Web logic。