java是用来开发APP的，安卓上应用、WINDOS应用都有许多是JAVA来写的，源程序是*.java，编译为*.class，可以执行的，打包（和资源一起）后一般为*.jar

php用是来开发动态网站的，在网站服务器上执行，执行的结果才通过网络传输到用户的浏览器上显示，执行的结果一般是html+js+css，三种都可以同时有。*.php是源程序，一般不编译，解释执行。

html、js、css都是做网页的，服务器上不执行，在浏览器上执行，*.html、*.js、*.css都是源码的文件，都是可以直接用记事本查看和修改的。核心的html，实际上是显示的内容加上格式编码，css是格式编码的抽象化，可以理解为按主题设置格式。js是显示内容的动作执行，一定程度上实现显示内容动态化，或者简单运算和数据加工。

这些都不难，都可以自学，建议你百度一下相应的百科解释。